Вариантов десятки, начиная от "самопальных" заканчивая "заводскими".
Можно приобрести специальную универсальную (обратите внимание на слово "универсальная"), кровельную проходку.
Материал изготовления, или специальная эластичная резина, или силикон.
Работает на крышах с любым скатом, любое покрытие включая и шифер, диаметр можно подобрать без проблем.
Установка элементарнейшая.
Покупаем проходку, герметик, саморезы оцинкованные, или с нержавейки.
Герметик нужен для наружных работ, можно битумно каучуковый, можно полиуретановый.
Проходку тяжело одеть на трубу, смажьте ей к примеру маслом (не подсолнечным), одели и приложили к шиферу (работаем только при плюсовой температуре в солнечный день).
Дальше прижали саму манжету к шиферу, прижимаем что бы она хорошо приняла форму "волны" шифера.
Затягиваем хомут который находится в верхней части конуса проходки, в общем обжимаем трубу.
Под манжету выдавливаем герметик (нужен "пистолет"), опять приглаживаем вдоль шифера и фиксируем всю систему саморезами, шаг сантиметров в 15-ь.
Из "самодельных" вариантов предложу два.
Если зазоры не большие, то герметик справится без проблем.
Второй вариант, это плиточный клей, клей для наружных работ, он влагостойкий, морозоустойчивый, перепады температур его не беспокоят.
К клею нужен широкий бинт.
Разводим клей, состояние жидкое, в начале пропитываем бинт и делаем из бинта, что-то типа верёвочки (шнура), по толщине зазора между трубой и кровлей (да, шифер очищаем от грязи и пыли, грунтуем, можно этим же клеем).
Пропитанный клеем "шнур" из бинта забивается плотно в щели труба-шифер.
Дальше нарезаем подосками, в два диаметра трубы, бинт, пропитываем его клеем, бинт сворачиваем в "бухточку".
Ну а дальше тщательно обматываем этим бинтом трубу, с таким учётом что бы половина бинта легла на трубу, вторая половина на шифер.
Можно дать несколько слоёв, на финише обмажьте, всю нашу подмотку клеем и выровняйте поверхность.
Осталось подождать пока клей полностью высохнет.
Можно вместо клея бинт пропитывать герметиком, пластиковую трубу в случае с клеем, чуть обработайте наждачной бумагой, поверхность должна быть чуть шероховатой (думаю понятно что шероховатой надо делать только ту часть трубы на которую ляжет пропитанный бинт).