В этом случае надо знать какой именно краской будете красить полы и размеры тех самых щелей которые надо шпаклевать.
Есть масляные шпаклёвки по дереву, есть акриловые, полимерные и так далее.
Вот не плохая акриловая шпаклёвка "Лакра".
Шпаклёвку по дереву можно и самостоятельно сделать (древесная пыли перемешанная с олифой, не плохая шпаклёвка).
Латексные шпаклёвки по дереву не плохой вариант, но они чуть дороже акриловых.
Но в любом случае ширина щелей имеет значение.
Если щели экстремально широкие (более 10-и см), то шпаклёвка наносится в несколько заходов с просушкой.
Или щели предварительно конопатят (в случае полов это шпагат пропитанный столярным клеем).
Подготовка, перед шпаклёвкой так же важный момент.
Если на полах есть старая краска, или лак, всё это надо удалить до чистой доски (можно механическим путём, можно купить смывку).
Затем полы шлифуются (шкурятся) наждачной бумагой с мелким зерном, второй проход средним зерном.
Убираем пыли и только после этого можно шпаклевать.
Шпаклёвки по дереву сохнут по разному (надо читать на таре о сроках просушки), но после просушки, перед покраской полов, опять надо пройтись наждачной бумагой по высохшей шпаклевки.
И опять убираем пыли и дальше уже покраска.
Но перед шпаклёвкой, я бы посоветовал проверить полы на устойчивость, то есть надо понять как ведут себя лаги.
Если половая доска "гуляет" то шпаклевать бесполезно, любая шпаклёвка не будет держаться в щелях.