Для начала вам нужно как следует проветрить помещение, тщательно просушить его. Подвал параллельно с этим же тоже как следует просушить. Соскоблить грибок - еще в зависимости от того, какая поверхность стен.
Если у вас нет ни естественной ни искусственной вентиляции, то лучше ее предусмотреть и сделать. Иначе у вас постоянно будут возникать подобные проблемы.
После того, как просушили и гараж и подвал, поверхность лучше обработать антигрибковыми растворами или грунтовками и снова просушить. Только после можно делать отделку, если захотите (оштукатурить, зашпаклевать, покрасить и прочее).
Есть еще вариант, если хотите, то можно снаружи тоже защитить - например, сделать пленку и сайдинг, чтоб меньше попадало влаги. Либо покрыть также антигибковым раствором или грунтовкой и покрыть сверху олифой или лаком (если гараж деревянный).
Все зависит от того, и какого он материала. Смотрите и думайте, варианты найдутся.