Затирка (фуга) кардинально отличается от шпаклёвки.
Причём и по составу в том числе.
Другими словами, фуга (затирка) это заполнитель в данном случае швов между плитки коками, а шпаклёвка это "выравниватель".
Шпаклёвка лучше и более длительное время удерживает влагу в отличие от затирки.
Из личного опыта могу добавить, шпаклевал фугой не большой участок (пару квадратов), затирка быстро отдала влагу, стала рыхлой, появились трещины, в итоге пришлось полностью её удалять и переделывать работу.
Шпаклевал вот такой фугой "Церезит"
 на цементной основе. 
Работать затиркой (на площадях, при шпаклевании всплошную) гораздо сложней в отличие от шпаклёвки, затирка менее эластична, её сложно шлифовать.
Но если речь о заделки небольших отверстий (к примеру после гвоздей, саморезов) или же не больших трещин, то в принципе можно эти ремонтные работы выполнить и затиркой.
Конечно фуга нужна белого цвета, а не цветная.
Затирка рассчитана на заполнения шва, причём на всю его глубину, плюс надо учитывать какая это затирка и какого размера трещины или отверстия будут ей заделываться (шпаклеваться).
Есть фуга для швов от 0 до 5 мм, есть от 5 мм, это надо учитывать.
Шпаклёвка может быть финишной, может быть стартовой.
В качестве (вместо) стартовой шпаклёвки точно нельзя использовать затирку, а вот вместо финишной при мелких ремонтных работах иногда можно.
Ну и конечно цена, тоже должна учитываться, как правило фуга гораздо дороже шпаклёвки, материально не выгодно шпаклевать фугой.