Чёрные, или тёмные пятна могут появиться чаще всего, на затирке для швов (фуга) на цементной основе в случае с эпоксидной затиркой потемнение швов маловероятно.
Пятна могли появиться из-за некачественной затирке.
В составе затирки для широких швов помимо прочего есть песок (для узких песка нет), возможно это некие вкрапления в самом песке, то есть затирка некачественная.
Или же в белую затирку добавляли колер (водорастворимый) при этом делался некачественный замес, затирка пошла пятнами.
Я обычно колер развожу с водой, затем на это воде замешиваю затирку, если добавить колер сразу в затирку, потом воду, могут быть проблемы (затирка окрашивается неравномерно).
Но скорей всего те самые пятна, это грибок, плесень проступившая через затирку.
Причина плохая вентиляция в помещении, постоянная сырость, отсутствие отопления (в ванной комнате это полотенцесушитель).
Вначале прочистите вентиляцию, решите вопрос с отоплением.
Далее перед укладкой плитки поверхности лучше грунтовать грунтовкой в составе которой есть анти-грибковые добавки, швы затирать фугой в составе которой есть те же анти-грибковые добавки.
Если причина в грибке, то я бы посоветовал специальным скребком для удаления (очистки швов) затирки из швов полностью удалить фугу и затереть швы повторно.
Можно попробовать отбелить швы уксусом, или почистить швы содой.
Добавляем воду в соду, перемешиваем до состояния "кашицы".
Далее смачиваем затирку (увлажняем) старой зубной щёткой наносим соду на швы, оставляем на некоторое время, промываем швы водой удаляем остатки соды.
Вместо соды можно попробовать уксусом, или лимонной кислотой отбелить швы, или белизной.
Или же использовать комбинированный вариант, сода, уксус, вода.
Наносим эту смесь (половина столовой ложки соды, ложка уксуса на пол литра воды) на швы тщательно приходимся по швам щёткой, оставляем минут на пять и далее смываем водой.
Такими способами можно удалить тёмные пятна если они появились недавно и находятся на поверхности затирки.
Если грибок проник на всю толщину шва, то фугу нужно убирать полностью, если нет скребка можно использовать плоскую отвёртку.
Поле нанесения новой фуги могу посоветовать защитить швы вот таким
средством "Дельфин" (тайфун мастер).
Защищает межплиточные швы от грязи, жира (если плитка на кухне) от грибка и плесени.
Если же поверхность на которую укладывалась плитка была поражена грибком и плесенью, грибок не удалялся, то он под плиткой.
Была допущена серьёзная ошибка, кафель нужно полностью снимать, удалять грибок с поверхности и.т.д, то есть переделывать работу полностью.