Чаще всего такое происходит при замене не только унитаза, но и канализационных труб внутренней разводки.
Унитаз (новый) сдвигается влево, или вправо, или же старый унитаз подключался к канализации через гофру, а выпуск нового напрямую, через манжету в раструб тройника.
Или же нижняя часть нового унитаза ("подошва") уже "подошвы" старого и отверстия оказываются снаружи.
Можно заменить плитку, для этого очищаем швы от затирки, аккуратно "подрываем" плитку, убираем с пола остатки плиточного клея.
Далее кладем новую точно такую же плитку, но уже целую.
Если точно такой же плитки нет в продаже, то можно купить такого же размера и просто помять её местами.
В моем случае в ванной комнате и в туалете одинаковая напольная плитка, экран для ванны съемный, плитку демонтировал из под ванны.
Если варианты с "перемещением" плитки не подходят, то отверстия можно скрыть, или задекорировать, но важно учитывать на каком они расстоянии от "подошвы" унитаза.
Можно приобрести вот такую
герметизирующую ленту (второе название "наклейка") ленты разного цвета, разной ширины и это самоклейка.
Унитаз установлен, далее очищаем пол от грязи и пыли и нижнюю часть "подошвы" унитаза.
Далее обезжириваем, я обезжиривал уайт-спиритом.
Примеряем ленту, отрезаем по нужному размеру (по длине), снимаем защитную пленку с ленты, приклеиваем и к унитазу и к полу, разглаживаем.
Если вариант с лентой не подходит, можно купить силиконовую затирку для швов, например "Ceresit CS25", есть большой выбор по цвету, подбираем отталкиваясь от цвета плитки.
К силиконовой затирке нужен "пистолет".
Убираем пыль из отверстия, далее заполняем их (отверстия) затиркой, можно в несколько слоев (учитываем глубину отверстий) с частичной просушкой.
Заполнять лучше с небольшой "горкой" на финише. высохшая силиконовая затирка подрезается заподлицо с плиткой строительным ножом со смененными лезвиями.
Можно и "обычную" цементную цветную затирку использовать, но берите лучше для широких швов.
Или же купите коврик для туалета, с вырезом под "подошву" унитаза, но тут нужно примерять, не факт что коврик полностью скроет отверстия.
Если вариант с ковриком, подходит, то отверстия можно заполнить плиточным клеем заподлицо, просушить.