А какого рода швы получились?
Выпуклые или вогнутые, или просто перепад цвета, или возможно под покрытием есть плохо заделанная трещина?
Это нужно знать, чтобы не совершить бесполезную работу и не испортить в конце концов вообще всё покрытие потолка, хотя оно скорее всего так и будет...
Итак, если швы вогнутые или изменился цвет, то ничего сделать не получится, придётся снимать покрытие со всей площади потолка и ровнять его заново, особое внимание уделяя именно проблемным местам.
Если же шов выпуклый, тогда можно потренироваться снять слой мягким абразивом. Есть такие абразивы на мягких губках, именно для обработки неровных, таких как шагреневое покрытие поверхностей.