Причин довольно много (не все они связаны со сверлением) и любая из них может привести к этой проблеме:
Неправильно укладывали плитку, нет полного заполнения (я обычно поверхность, предварительно, выравниваю и плитку укладываю под гребенку), при сверлении поверхности под плиткой создается микро-вибрация, плитка плохо держится и как итог затирка "посыпалась".
Если основание бетонное, то вибрация будет ещё сильней, так как бетон сверлится с ударом, перфоратором.
Или же неправильно подготовили основание, плитка отошла и возможно частично.
Неправильно замешивали затирку, слишком мало воды, затирка быстро высыхает в шве, заполнения шва не полное не на всю его глубину.
Замешали слишком много затирки, не успеваете её полностью выработать, затирка начала прихватываться, (застывать) нет полного заполнения шва и плюс потеря эластичности.
Неправильно подобрали затирку на цементной основе, затирка есть как для широких швов, так и для узких,нельзя затиркой для узких швов затирать широкие, затирка пойдет трещинами под механическим воздействием на неё (сверление, в Вашем случае).
Неправильно подготовили швы к нанесению затирки, в швах остался высохший плиточный клей, затирка наносится слишком тонким слоем прямо на клей и идет трещинами.
И ещё из личного опыта, если из белой затирки делается цветная, используется водорастворимый колер,то затирка будет быстрей высыхать в швах, нужно это учитывать, а ещё лучше сразу покупать затирку нужного цвета.


Если причина в оставшемся плиточном клее в швах, то очищаем швы и от его остатков
и остатков затирки.
Если неправильно выбрали затирку, покупаем подходящую, швы в любом случае очищаются от старой затирки и далее переделываем работу, повторно заполняем шов.
Если причина в плитке (см. выше неполное заполнение, плитка плохо контактирует с основанием), то плитку нужно снять.
Затем очистить кафель от остатков клея (и с торца в том числе), очистить поверхность от клея, далее загрунтовать с просушкой, нанести клей гребенкой (если уже неудобно, мешают соседние плитки, то наносим шпателем, но на всю поверхность), уложить плитку повторно, дать время на просушку клея и только после этого, повторно затереть швы.