Сразу же хочу отметить, данная процедура просто не может быть незаконной, то есть нет вариантов кроме законных.
Нарушение закона это не только крупный штраф и возвращение переделки в первоначальное состояние, но и уголовная ответственность (если пострадают люди).
Как правило автономное отопление делается с использованием газового котла, монтаж газового котла чётко прописан, ошибки приводят к трагедиям.
Ваша квартира это часть системы отопления дома, не факт что разрешение вообще дадут, ибо есть такие моменты, когда просто не возможно отключить одну квартиру не причинив не удобства другим.
Ну а в целом заявление пишут на имя межведомственной комиссии, она находится в здании городской (или поселковой) администрации.
К заявлению:
Документ подтверждающий право сособственности на квартиру.
Тех паспорт на квартиру (копия).
Если дом под управлением УК, собираем общее собрание всех жильцов, они должны одобрить Ваше желание (в письменной форме, то есть нужен протокол собрания).
Проект будущего автономного отопления (если это газовое, то проект делается в Газконторе), если электрический котёл, то в Электросетях.
Технические условия, получаем разрешения от Теплосетей, они должны просчитать возможность Вашего отключения от центрального отопления.
Вот это основные документы, но могут потребоваться дополнительные, мы даже не знаем о какой квартире идёт речь (приватизированная, муниципальная и так далее).
Межведомственная комиссия в течении 45-и суток дать ответ и не факт что он будет положительным. 


Очень часто это проблема решается заменой радиаторов, теплоноситель в систему подаётся с определённой температурой, есть нормы и правила.
Так же часто проблема решается утеплением квартиры.
А автономное отопление на первоначальном этапе, это гигантские вложения, которые будут окупаться годами.
В основном автономное отопление делают для комфорта, то есть предоставляется возможность регулировать температуру теплоносителя, включать и выключать отопление по своему желанию, это всё комфорт, а не экономия.
Автономное отопление и экономия, эффективны лишь при капитальном утеплении квартиры причём утепление наружное,
 а это просто огромные деньги + замена всех окон на стеклопакеты.