Я бы советовал производить замену окон на самом начальном этапе. Вся черновая работа, а замена окон, пожалуй, относится к таковой, должна производиться в самом начале наряду со сменой полов (не покрытие ламинатом или другим материалом, а именно замена основания), замена или ремонт батарей, замена дверей и тому подобные работы.
К тому же, замену окон очень сложно произвести самим, особенно без соответствующей подготовки, поэтому к Вам придут рабочие, минимум двое, а скорее всего, больше. Они нанесут в дом/квартиру кучу грязи и, если у Вас уже будет свеженькая отделка, наверняка, они что-нибудь, да подпортят. К тому же, перед установкой новых окон, процедурой, которую еще можно произвести сравнительно чисто, будет следовать демонтаж окон, а в этом случае будет очень пыльно и грязно, запачкают не только полы, но и стены, двери и все, что попадется под руку.
Поэтому, если делаете капитальный ремонт, мой совет - начинайте с окон.