Можно ли покрасить затирку водостойкой эмалью?

Покрасить -то можно, вряд ли Вам кто-то это запретит сделать, но вот качество будет не то.

Работа утомительная, кропотливая, особенно если плитка мелкая, в подготовку включается работа с наждачной бумагой, грунтовка и так каждый шов, есть ли вообще смысл, в такой работе.

В продаже есть специальные карандаши,

Выбор конечно за Вами, можно маленькой кистью покрасить, просто будьте внимательны, лишнюю краску надо тут же удалять, причём сухой тряпкой о подготовке уже писал.

Я бы всё же посоветовал очистить швы полностью, затем нанести новую фугу, по времени это выйдет быстрей, чем покраска с подготовкой, качество будет выше гораздо.

Хотите и цвет фуги поменяйте, цветная фуга меньше пачкается, точнее на ней меньше видна грязь.

Если проблема с плесенью на межплиточных швах, то надо устранять причину появления плесени, по другому никак, ни чего не поможет, плесень надо не скрывать под краской, или карандашом, а убирать её полностью.

Ну и плюс конечно разобраться с вентиляцией, она всему виной (её плохая работа).