Конечно же это Ваше дело, но фанера ФСФ не используется в жилых помещениях, да это фанера повышенной влагостойкости, но при её (фанеры) изготовлении используется смоляной фенолформальдегидный клей.
Работа по кладке плитки на фанеру это одно целое, подготовка и монтаж самой фанеры нельзя оставлять в стороне и акцентировать внимание лишь на кладке плитки.
Предположу что Вы грамотно обшили фанерой и стены и уложили её на пол (распустили лист на 4-е части, укладывали с зазором и так далее, включая уменьшенный шаг саморезов), не ошиблись с толщиной.
Технологий кладки плитки на фанеру довольно много, наверное нет смысла переписывать технологию рерайтеров, из интернета, которые дружно пишут об одном и том же (двухкомпонентный клей, или клей на основе силикона).
Пишу отталкиваясь от личного опыта:
Конечно стены было бы лучше зашить гипсокартоном, а не фанерой с формальдегидом, зашить можно и сейчас, фанера выступит в роли сплошной обрешётки, класть плитку на гипсокартон вообще без проблем, нужна лишь грунтовка с просушкой.
Если всё же только на фанеру, то я использую клей Ceresit CM 17 (Церезит),
это высокоэластичный плиточный клей используется на не стабильных основаниях, включая ДСП, ГКЛ, ОСП и фанеру.
Убрали пыль с фанеры.
Разводим клей чуть более жидким от кладочного.
Втираем его в пол (или стены), именно втираем тончайшим слоем.
Ждём полного высыхания.
Всё, можно класть под гребёнку, кладка ни чем не отличается от облицовки любой другой поверхности.
Если стены то кладём сверху вниз, пробиваем горизонт, следим за вертикалью.
Между кафелем крестики.
В конце затёрли швы фугой.