Вариантов довольно много.
Можно вообще не выпиливать оконные и дверные проёмы, максимум один проём под входную дверь.
Оконные проёмы как и вторая конопатка делается уже после усадки сруба.
То есть внутреннее проветривание всё равно будет и без проёмов, щели между брёвнами обеспечат проветривание внутренних помещений сруба.
Второй вариант, сделать разметку, то есть определиться где в дальнейшем будут окна и двери.
Но выпилить проём не в полный его размер, а сделать небольшие продухи (по типу продухов в подвале).
Далее продухи вдоль бревна закрываются досками, доски прибиваем с зазором между ними.
Вот так это выглядит
(те самые продухи, доски изнутри сруба, вдоль бревна, а не поперёк брёвен).
Закрывать плёнкой проёмы категорически не советую, древесина может начать гнить, появится плесень.
Так же определитесь с антисептированием, пропитать древесину антисептиком можно и до усадки и после.
Ну и последний мой вариант, отапливание сруба изнутри и плюс установка мощного вентилятора который будет выгонять сырой воздух наружу.
Но это дорого.