На мой взгляд, Вы уже нарушили правильную последовательность выполнения этих работ.
Потолочные обои под покраску и стеновые обои под покраску разделяются багетом (потолочным плинтусом).
Обои клеятся от потолочного плинтуса, то есть приклеиваем багет шпаклюем щели багет-потолок и плинтус-стена.
Далее клеим обои на потолок и красим их вместе с потолочным плинтусом.
Только обои на потолке красятся валиком, а потолочный плинтус вот таким образом
кистью.
Далее от потолочного багета клеятся обои на стены и в конце окрашиваются обои на стенах, плинтус после просушки защищается малярным скотчем, или окраску у потолочного плинтуса делаем под шпатель (окраска кистью вдоль шпателя).
Но если так получилось, то вероятность того что краска со стен попадёт на обои на потолке, минимальная.
Поэтому красить надо сверху вниз, в начале потолок, а потом стены.
Если переживаете, то можно стены защитить плёнкой с фиксацией на малярный скотч, или тонике булавки (иголки), например к багету.
Вот это в целом, но Вы сами себе крайне усложнили работу, надо было сделать общую подготовку (шпаклёвка, грунтовка) и дальше заниматься только потолком.
В Вашей ситуации, особенно если цвет краски потолка и стен резко отличается, придётся красить крайне аккуратно и особенно сложно будет покрасить потолочный плинтус чтобы не испачкать обои как на потолке, так и на стенах.
Ещё более не правильный вариант, это поклейка потолочного плинтуса на обои.