Если под "обычной" затиркой Вы имеете в виду затирку (фугу) на основе цемента, то фуга в случае с плиткой на тёплых полах, должна соответствовать следующим характеристикам:
Так как это полы, то затирка должна быть износоустойчивой.
Она же должна быть устойчивой к перепадам температур, к сравнительно высоким температурам.
Она должна быть эластичной, если тёплые полы в помещениях с повышенной влажностью, то затирка должна быть влагостойкой. 
Плюс, устойчивой к загрязнениям и к воздействию различной бытовой химии (полы периодически моются с использованием той самой бытовой химии).
Так же при выборе затирки нужно учитывать какой ширины у Вас швы, есть затирки как для узких, так и для широких швов.
Речь о полах, поэтому лучше покупать фугу "не марких" цветов (как правило это затирки тёмного цвета).
И плюс (но это желательно, а не обязательно) в составе затирки должны быть специальные добавки защищающие плиточный шов от грибка, плесени.
Если Ваша затирка ("обычная") соответствует всем эти характеристикам, то можно затереть швы плитки которая уложена на тёплый пол.
Я у себя на тёплых полах затирал плитку вот такой
 фугой на цементной основе "Церезит СЕ 40", её можно использовать на полах с подогревом.
Затирку покупал, серого цвета, с цветом затирки ориентируйтесь по месту, учитывайте цвет самой плитки. 
В случае с тёплыми полами, не советую колеровать белую затирку, лучше сразу берите фугу нужного цвета (у фуги Церезит Се 40 широкая цветовая гамма, около 35 оттенков).