Снимать аккумулятор, особенно на современных автомобилях с ЭБУ, просто не желательно, хотя очень страшного не произойдёт и после установки "мозги" постепенно восстановят установленные режимы, но на это понадобится время, а у нас как всегда "некогда".
Заряжать не снимая можно, но желательно не превышать некоторых параметров. Зарядный ток не должен превышать 1\10 ёмкости аккумулятора. 60 амперный заряжаем 6 амперами, 55- 5,5амперами. Напряжение в зарядном устройстве нежелательно более 16-17 вольт. Поэтому заряжать лучше заводским или правильно сделанным самодельным. Если время не ограничено, лучше заряжать половинкой, ток убавляем вдвое- увеличивая вдвое время. Так аккумулятор зарядится "плотнее" и параметры выдержатся.