Я так понял речь идёт о цоколе здания ("переходник" между фундаментом и стеной строения) и о фасадной декоративной штукатурке.
Я вначале выравнивал поверхность штукатуркой (выравнивающей), а затем уже подготовка под нанесение декоративной штукатурки.
Дальше, важно учитывать о каком валике идет речь, это может быть структурный (фактурный) валик с помощью которого формируется "рисунок" на штукатурке, или обычный меховой валик (с меховой "шубкой") штукатурка наносится кельмой, а валиком она "прокатывается".
Так же важно учитывать о какой конкретно штукатурке идет речь, некоторые виды фасадных декоративных штукатурок наносится в один слой, другие в 2 - 3.
Дальше, при правильном выборе материалов, при правильном нанесении декоративной штукатурки вопрос "что делать?" отпадает на стадии подготовки поверхности.
Грунтовка:
Опять же, некоторые виды грунтовки можно колеровать, то есть грунтовка подбирается (или колеруется) под цвет декоративной штукатурки, если она (штукатурка) тонкослойная.
Или же, покупается бесцветная грунтовку.
После нанесения грунтовки она должна полностью высохнуть, перед нанесением декоративной штукатурки.
Возможно Вы поспешили, те самые пятна, это пятна влаги, дайте время на полную просушку.
Так же учитывайте что грунтовки разные и по составу в том числе.
Декоративная штукатурка:
Если это штукатурка заводского изготовления, то ознакомьтесь с инструкцией, по её нанесению.
Некоторые декоративные штукатурки можно колеровать в массе, есть штукатурки "под покраску", или допускается их окрашивание.


Если был допущен целый ряд ошибок при нанесении штукатурки валиком, при выборе грунтовки и нанесение второго и последующих слоев декоративной штукатурки не планируется, то остаётся вариант с её покраской.
Но (см. выше) не любая декоративная штукатурка окрашивается.
Краска нужна фасадная, так как речь о наружных работах.
Наносится она валиком (как вариант) вот фото
для наглядности.
Дождитесь полного высыхания декоративной штукатурки, поверхность должна быть сухой и чистой.
Температура воздуха, положительная (не менее + 5 градусов и днем и ночью).
При необходимости краску можно колеровать под цвет штукатурки.
Перед окрашиванием поверхность грунтуется, грунтовка бесцветная и учитывайте что она (грунтовка) должна быть совместима с краской, по составу.
Грунтовать можно и кистью.
Далее покраска, к валику нужна малярная кюветка ("ванночка").
Наливаем краску в кюветку, опускаем валик (но без фанатизма) в краску, и "раскатываем" его, на ребристой поверхности "ванночки".
Окрашиваем цоколь, слой равномерный, после нанесения первого слоя краски частичная просушка и затем наносится второй и финишный слой краски.