В первую очередь надо определиться с природой этого родника.
Что это природный родник, или где то трубу прорвало, если трубу, то надо откопать и ликвидировать протечку.
Если явление природное, то надо делать дренаж, загерметизировать наглухо "родник" можно, но вода никуда не денется, её надо отводить от дома.
Засыпка чем-то тут не поможет, нужны более кардинальные меры, то есть если это действительно родник, его надо увести от строения, или регулярно откачивать воду из подвала.
Гидроизоляцию подвала лучше производить снаружи, откопали фундамент и нанесли к примеру, битумную мастику,
одновременно делаем дренаж.
Обязательно должна быть отмостка.
Если изнутри, то в начале надо заняться полами, "пирог" такой:
Насыпаем слой щебня, толщина 200-и мм, трамбовка.
100-о мм, песок, трамбовка.
Далее стяжка, лучше бетонная, толщина не менее 8-10-и см.
Гидроизоляция по стяжке, можно использовать рулонную, например рубероид в два слоя с нахлёстом на стены.
А дальше уже смотрите по месту, пол можно утеплить, а можно сверху гидроизоляции сделать чистовую стяжку.
Если подвал уже забетонирован, то можно использовать "жидкую резину", не плохой вариант, подвал гидроизолируем "наглухо".
Вот к примеру такая ELASTOMIX" (ЭЛАСТОМИКС),
есть однокомпонентные и двухкомпонентные составы.
Как Вы уже поняли, гидроизоляция подвала, это целый комплекс работ, не возможно источник (родник) просто взять и чем-то засыпать.