В общем-то можно, но в разумных пределах, то есть нельзя разрезать дюбель напополам, но можно чуть подрезать.
Подрезают чаще с той стороны в которую закручивается саморез, шуруп.
То есть забили дюбель в стену и та часть которая не вошла (выступает над поверхностью), подрезается ножом
(или плотном от ножовки по металлу) заподлицо с поверхностью.
Так же учитывайте что саморез, или шуруп подбирается с таким учётом что он длиннее дюбеля,
если это распорный дюбель, то шуруп проходит сквозь него и выходит из дюбеля примерно на диаметр дюбеля.
Возможно и шуруп придётся подрезать, а не только дюбель в который он вкручивается.
Ну и конечно надо учитывать какая будет нагрузка на шуруп закрученный в дюбель.
Если значительная, то подрезать дюбеля не советую, Вы послабите это соединение.
Лучше досверлить отверстие в глубину, а не резать дюбеля.
При выборе дюбелей учитывается и его диаметр, а не только длина.