Те самые сетки могут быть установлены неправильно.
Например у пользователя в квартире установлены старые деревянные окна без стеклопакетов.
Пользователь самостоятельно изготовил рамку и натянул на неё противомоскитную сетку.
При этом размер рамки снят не верно, есть не большие зазоры между рамкой и рамой окна, вот через эти незначительные щели мухи вполне могут попадать в помещение со стороны улицы.
Встречался с ситуацией при которой "родные" сетки с рамкой заводского изготовления не соответствовали размеру окна, были щели.
Размер ячеек тех самых сеток может быть разным, как и размер мух, мухи сравнительно не большого размера вполне могут попадать в помещение сквозь ячейки сетки.
Так же они могут попасть в квартиру, если не качественно заделаны щели между оконной рамой и оконным проёмом.
Могли допустить ошибку, или просто сэкономили на монтажной пене установщики окон.
Через вентиляцию тоже могут попадать мухи в квартиру от соседей.
Я бы посоветовал купить вентиляционные решётки с сеточкой от насекомых.
Чистить такую решётку придётся чаще, но зато избежите попадание в квартиру и мух и тараканов от соседей и иных насекомых.
Возможны и иные варианты, например мух просто занесли в квартиру с "урожаем с дачи", или с продуктами с рынка или даже магазина.
Также мухи вполне могут обитать в подъезде Вашего дома, Вы открываете и пусть даже ненадолго входную дверь и таким образом мухи оказываются в квартире.
Некоторые пользователи по этой причине, и на входную дверь со стороны помещения устанавливают сетку (на магнитах, к примеру).
Возможно сетку повредили птицы, птицы клюют сетку и это не редкость, через повреждения в сетки мухи оказываются в квартире.


В первую очередь лишите их "кормовой базы" не оставляйте еду на столах на длительное время.
Не уничтожайте их естественных врагов, это пауки, например на балконе можно вполне мирно с ними сосуществовать.
Если сетка с рамкой, следите чтобы не было зазоров между рамой и окном.
Если нужно именно уничтожить уже имеющихся мух, мы покупаем вот такую липкую ленту.
Лента находится в рабочем состоянии до месяца, экологически безопасна и не несёт вреда даже домашним животным.
Пользоваться более "убойной химией" в квартире, настоятельно не рекомендую.
Лучше или лента, или "народные" методы, мухи не переносят резких запахов, распылите в помещение эфирное мало лаванды, или мяты.
Даже запах гвоздики мухи не переносят, но моё мнение, липкая лента вариант более эффективный и быстрый.