Честно говоря не до конца понятна глубина проблемы.
Шкаф купе, ниже натяжного потолка, обычное и распространённое явление.
Делайте натяжной потолок как обычно, единственное что надо, это определиться с местом нахождения шкафа-купе и далее определиться со встраиваемым светильниками в натяжной потолок.
Светильники не должны быть над шкафом-купе, там зазор будет не большой.
Потолок можно предварительно подготовить, советую загрунтовать с просушкой, грунтовка стянет пыль и усилит, к примеру шпаклёвку на потолке.
Далее по периметру помещения крепим профиля для натяжного потолка.
Включаем тепловую пушку, натягиваем полотно, крепим его штапиками.
Систем крепления натяжных потолков довольно много, да и площадь потолка не одинаковая, поэтому могут быть нюансы.
А далее вызывайте мастера, он снимет размеры, изготовит и установит шкаф-купе.
Если хотите как-то задекорировать щель между потолком и шкафом (если это надо), то можно потолочным багетом,
или тот же мастер изготовит карниз на шкаф,
практически впритык к потолку (опять же, если это надо).