Покрыть деревянный подоконник можно лаком, можно краской, можно лазурями.
Это всё финишные лако-красочные материалы.
А промежуточными можно считать антисептические пропитки, грунтовки, шпаклёвки, морилки, возможно и огнезащитная пропитка не помешает.
Что касается как, то всё зависит от выбранного варианта финишного покрытия.
Можно просто древесину проолифить и покрасить подоконник в два слоя масляной краской.
Олифу разогреваем на водяной бане.
Предварительно осмотрите подоконник, если надо грунтуем, шпаклюем и шлифуем.
Если поверхность уже подготовленная, просто наносим олифу в два слоя, далее просушка.
На финише покрываем подоконник краской.
Если хотите сохранить и даже подчеркнуть красоту древесины (плюс защита от различных факторов влияющих на древесину, как-то влага, грибок и.т.п)), то в качестве финишного покрытия можно использовать лазурь по дереву, можно лак.
Это по сути особый вид краски (если точней, то акриловой), подготовка, это убираем старую краску, или лак.
Шлифуем и обезжириваем поверхность.
Далее наносим лазурь в два слоя с просушкой, можно валиком, можно кистями, можно методом распыления.
Если спрашивали о конкретных производителях, то вот не плохая лазурь по дереву "Biofa" (Биофа),
применяется и внутри и снаружи помещений.
Если будете древесину вскрывать лаком, то подготовка та же, лак наносится в несколько слоёв, первый слой грунтовочный, с обязательной просушкой.